Năm 710, sau liên tiếp những cuộc chính biến, Đường Duệ Tông được đưa lên ngôi lần thứ hai[12]. Duệ Tông cho triệu Diêu Nguyên Chi từ Hứa châu về Trường an và phong cho ông làm Binh bộ thượng thư, Đồng Trung thư môn hạ tam phẩm, tiến phong Trung thư lệnh vào cuối năm này. Diêu Nguyên Chi lại một lần nữa đảm nhận tướng vị.

Lúc này trong triều xảy ra việc tranh chấp giữa Công chúa Thái Bình (em Duệ Tông) và thái tử Lý Long Cơ - người lập công lớn trong việc diệt trừ phe đảng họ Vi và đưa Duệ Tông lên ngôi. Công chúa Thái Bình can dự vào triều chính, muốn triệt hạ thế lực của Long Cơ nên vẫn để các thân vương trong triều nhằm tạo ra sức ép với thái tử, trong đó có hoàng tử trưởng Lý Thành Khí và Bân vương Lý Thủ Lễ (con thái tử Lý Hiền, cháu nội Cao Tông). Để chấm dứt tình trạng này, năm 711, Diêu Nguyên Chi và tể tướng khác là Tống Cảnh dâng sớ xin đưa chư vương ra ngoài các châu làm thứ sử, còn công chúa Thái Bình cùng chồng là Võ Du Kị được đưa đến Lạc Dương. Duệ Tông chấp thuận thỉnh cầu nhưng chỉ đưa công chúa sang Bộc châu. Việc này đến tai công chúa, công chúa vô cùng tức giận, bèn chửi mắng Lý Long Cơ vì cho rằng việc này do Long Cơ đứng sau. Long Cơ sợ hãi, bèn dâng sớ lên Duệ Tông xin xử tử hai vị tể tướng vì tội chia rẽ hoàng thất. Đáp lại, Duệ Tông giáng Diêu Nguyên Chi làm thứ sử Thân Châu[13]. Trong những năm 711 - 713, lần lượt đảm nhận chức thứ sử Từ, Lộ[14]. Sau lại được phong chức Dương châu[15] trưởng sử. Trong thời gian đó, Diêu Nguyên Chi rất được lòng nhân dân địa phương và họ đã lập bi ghi nhận công đức của ông. Tiếp sau ông được chuyển sang làm Thứ sử Đồng châu[16].